نگرش ایالات متحده نسبت به تشکیلات خودگردان فلسطین پس از تحلیف رئیس جمهور جورج دبلیو بوش تغییر کرد. رئيس جمهور بوش از ملاقات با عرفات خودداری کرد و همانطور که مقامات فلسطینی اصرار داشتند از او به عنوان (رئیس جمهور عرفات) یاد نکرد، اما فقط به عنوان (رئیس عرفات) نامش گرفت. بوش در سال اول دولت خود فقط در سطح فنی روابط خود را با تشکیلات خودگردان فلسطین حفظ کرد. پس از دور دیگری از خشونت ها در سرزمین های فلسطینی، بوش در جون ۲۰۰۲ حمایت خود را از یک کشور فلسطینی پس از روند مذاکرات ابراز کرد.
در سوم جون ۲۰۰۳، بوش برای اولین بار با محمود عباس، نخست وزیر فلسطین، در یک کنفرانس چندجانبه در شرم الشیخ ملاقات کرد، قالبی از نشست که برای اجتناب از ملاقات مستقیم با عرفات طراحی شده بود، که اکنون بوش و رهبری اسرائیل آن را منفی می دانند. در ۲۵ جولای ۲۰۰۳، عباس برای اولین بار از کاخ سفید دیدن کرد. در آن جلسه، رهبران دو کشور گروه توسعه اقتصادی فلسطین را تأسیس کردند که یک کمیته مشترک سطح بالای آمریکایی و فلسطینی برای نادیده گرفتن روابط اقتصادی است.
پس از مرگ عرفات در نوامبر ۲۰۰۴، عباس رئیس‌جمهور جدید فلسطین به‌عنوان بازدیدکننده دائمی کاخ سفید درآمد. بوش اکنون در ارتباطات رسمی از او با عنوان (رئیس جمهور) به جای (رئیس) یاد می کند، همانطور که در مورد عرفات انجام شد.
در سال ۲۰۰۵ بوش سياست خود در برابر اسرائيل و فلسطين اين گروه اعلان کر: «هر گونه توافق وضعیت نهایی باید بین دو طرف حاصل شود و تغییرات در خطوط آتش بس ۱۹۴۹ باید متقابلاً مورد توافق قرار گیرد. راه حل دو کشوری قابل دوام باید مجاورت را در کرانه باختری تضمین کند، و دولت از سرزمین های پراکنده کارساز نخواهد بود. همچنین باید پیوندهای معناداری بین کرانه باختری و غزه وجود داشته باشد. این موضع امروز ایالات متحده است. این موضع ایالات متحده در زمان مذاکرات وضعیت نهایی خواهد بود.» دولت جورج دبلیو بوش. (۲۰۰۵، ۲۶ می).
دوره رياست جمهوری جورج دبليو بوش داری اهميت خاص در مورد روابط اسرائيل امريکا بود. رئيس جمهور جورج دبلیو بوش و نخست وزیر آریل شارون در دیدارهای ۲۰۰۱ روابط خوبی برقرار کردند. در ۴ اکتبر ۲۰۰۱، اندکی پس از حملات ۱۱ سپتامبر، شارون دولت بوش را متهم کرد که فلسطینیان را به هزینه اسرائیل در تلاش برای حمایت اعراب از کمپین ضد تروریسم آمریکا مماشات کرده است. کاخ سفید گفت این اظهارات غیرقابل قبول است. شارون به جای عذرخواهی برای این اظهارات، گفت که ایالات متحده نتوانست او را درک کند. همچنین، ایالات متحده از رویه اسرائیل در ترور فلسطینی‌هایی که تصور می‌شود در تروریسم دست دارند انتقاد کرد، که به نظر برخی از اسرائیلی‌ها با سیاست آمریکا در تعقیب اسامه بن لادن مرده یا زنده ناسازگار بود.
در سال ۲۰۰۳، در اواسط انتفاضه دوم و رکود شدید اقتصادی در اسرائیل، ایالات متحده به اسرائیل ۹ میلیارد دالر ضمانت وام مشروط ارائه کرد که تا سال ۲۰۱۱ در دسترس بود و هر سال در گروه توسعه اقتصادی مشترک ایالات متحده و اسرائیل مذاکره می شد.
همه دولت‌های اخیر ایالات متحده، فعالیت شهرک‌سازی اسرائیل را به‌عنوان پیش‌داوری در مورد وضعیت نهایی و احتمالاً ممانعت از ظهور یک کشور فلسطینی به هم رد کرده‌اند. با این حال، رئيس بوش در یادداشت ۱۴ اپريل ۲۰۰۲ که (نقشه راه بوش) نامیده شد و پارامترهای مذاکرات بعدی اسرائیل و فلسطین را تعیین کرد. به لزوم در نظر گرفتن واقعیت های تغییر یافته روی زمین، از جمله در حال حاضر اشاره کرد. مراکز عمده جمعیتی موجود اسرائیل و همچنین نگرانی‌های امنیتی اسرائیل، با تأکید بر اینکه انتظار اینکه نتیجه مذاکرات وضعیت نهایی بازگشت کامل و کامل به خطوط آتش‌بس سال ۱۹۴۹ باشد، غیرواقعی است. او بعداً تأکید کرد که در این پارامترها، جزئیات مرزها موضوع مذاکره طرفین بود.
در زمان‌های خشونت، مقامات آمریکایی از اسرائیل خواسته‌اند تا هرچه سریع‌تر از مناطق فلسطینی که در عملیات‌های امنیتی بازپس گرفته شده‌اند، عقب‌نشینی کند. دولت بوش اصرار داشت که قطعنامه های شورای امنیت سازمان ملل متحد با انتقاد از خشونت فلسطین و همچنین اسرائیل متعادل شود و قطعنامه هایی را که مطابق با این استاندارد نبود وتو کرد.
گرچه جورج دبلیو بوش به‌طور به یاد ماندنی اعلام کرد: «تصمیم‌گیرنده من هستم»، به‌عنوان رئیس‌جمهور، او در مورد سیاست ایالات متحده در قبال مناقشه اسرائیل و فلسطین به‌طور قابل‌توجهی بلاتکلیف بود. سیاست‌گذاری دولت او شامل یک درگیری مداوم بین واقع‌گرایان میانه‌رو و تندروهای محافظه‌کار بود که از ایده‌های مذهبی دست راستی الهام گرفته بودند و چشم‌اندازی از دموکراسی به عنوان علاج همه چیز. دولت بوش که با این برنامه‌های رقابتی متلاشی شده بود، بین به رسمیت شناختن حق تعیین سرنوشت فلسطینیان و پذیرفتن رهبران اسرائیلی که اغلب جنگ را به مذاکره ترجیح می‌دادند، متزلزل شد. در طول سال‌ها، دولت به‌طور نامنظم رویکردهای پی در پی را در مورد روند صلح اسرائیل و فلسطین اتخاذ کرد و کنار گذاشت. نتایج این قطعنامه شامل پیروزی خیره کننده حماس در انتخابات فلسطین در سال ۲۰۰۶، حمله اسرائیل به لبنان در سال ۲۰۰۶، درگیری بین اسرائیل و حماس در غزه در سال های ۲۰۰۸-۲۰۰۹، و در نهایت، عملاً هیچ پیشرفت دیپلماتیکی به سوی صلح پایدار بود.
زوقبی نوسيده کتاب (نقاط بلاتکلیفی: جورج دبلیو بوش و درگیری اسرائیل و فلسطین) استدلال می کند که سیاست دولت جورج دبلیو بوش در قبال مناقشه اسرائیل و فلسطین عمدتاً با عدم تصمیم گیری آسیب رسان مشخص می شود. او ادعا می کند که این رویکرد بی قاطعانه، با هدف جلب رضایت هم واقع گرایان میانه رو و هم تندروهای محافظه کار در داخل، به جای کمک به حل آن، صرفاً درگیری را تشدید کرد.
در جنوری سال ۲۰۰۸، جورج بوش همراه با محمود عباس رئيس جمهور وقت فلسطین، در يک کنفرانس مطبوعاتی از اسرائیل خواست به اشغال سرزمین فلسطین پایان دهد. وی بر تعهد استوار آمریکا به امنیت اسرائیل تاکید کرد، اما گفت فلسطین آینده باید قابل دوام، پیوسته و حاکمیت باشد.
بوش وضعیت بیت المقدس را شاید حل نشدنی ترین مشکل برجسته کرد. «من کاملاً درک می کنم که یافتن راه حلی برای این موضوع یکی از دشوارترین چالش ها در مسیر صلح خواهد بود، اما این راهی است که ما انتخاب کرده ایم.»
جورج بوش محمود عباس رئيس جمهور وقت فلسطین را به عنوان یک «مرد خوب» تحسین کرد که قبلاً زندگی مردم عادی فلسطین و وضعیت امنیتی در کرانه باختری را بهبود بخشیده است. وی افزود: اطمینان دارم که با کمک مناسب، کشور فلسطین پدید خواهد آمد و زمانی که ظهور کرد گامی بزرگ به سوی صلح خواهد بود.
